AutoPatchWorkは本当に便利ですが、ブログの個別記事などでも有効になってしまったりして、人によっては少しおせっかいだと感じるかもしれません。
そんなときは除外リストでhttp://を指定してやりましょう。（ワイルドカードならhttp://*）するとgoogleではssl接続なのでhttps://で始まるURLですから、有効になります。それ以外のサイトではほとんど反応しなくなります。
Chrome + AutoPatchWorkでしか確認していませんが、FirefoxやAutoPagerizeでもうまくいくのではないかと思います。