Fedora26で、Gnome端末のlsコマンド出力等の色が見づらかったので、「プロファイルの編集」→「色」→「パレット」で色を編集しましたが、反映されませんでした。
原因を調査したところ、最近のfedoraでターミナルの256色表示が有効になっているためのようです。256色表示を有効にしているのは/etc/profile.d/256term.shで、TERMという環境変数がxtermなどであるときに、256表示の有効化を行っています。
そこで、「プロファイルの編集」→「コマンド」タブ→「SHELLの代わりにコマンドを実行する」にチェックを入れ、その下のコマンドを
env TERM=vt100 /bin/bash
とすると、パレットの色が反映されます。
副作用として、gnome-terminal-nautilusをインストールしているとき、nautilus（ファイラー）で右クリックメニューの「端末で開く」が正常に機能しなくなってしまいます。Ctrl＋L→Ctrl＋Cでパスをコピーするなどして対処しています。
バグフォーラムでも議論になっています。Bug 949279 - provide a way to disable the 256 color feature